tRNA-Thioepitranskriptom: eine neue Ebene der Translationskontrolle in der Gefäßentwicklung
Yifan Zhu – Hector RCD Awardee Sofia-Iris Bibli
Transfer-RNAs (tRNAs) sind ein wichtiger Bestandteil der Translationsmaschinerie und neuere Studien haben eine Reihe von Mutationen in Enzymen vorgeschlagen, die an der Modifikation von tRNAs beteiligt sind, die mit menschlichen Krankheiten in Verbindung gebracht werden. Allerdings sind unsere Kenntnisse über menschliche tRNA-Modifikationen lückenhaft, und die umfassendste tRNA-Modifikationsdatenbank enthält Informationen zu nur 20 % der menschlichen tRNA-Modifikationen. Interessanterweise wurde festgestellt, dass tRNA-Thiolierung, die aus der intrazellulären Schwefelmobilisierung resultiert, die Proteintranslation in Bakterien und Hefen reguliert und ihre Reaktion auf Hitzestress bestimmt. Ob ein ähnlicher Mechanismus auch beim Menschen auftritt, ist noch nicht bekannt. Dieser Vorschlag soll die Hypothese untersuchen, dass schwefelhaltige Aminosäuren im Mikromilieu menschlicher Endothelzellen die tRNA-Thiolierung bestimmen, die wiederum die Translationsmaschinerie während der Gefäßentwicklung reguliert. Die Ziele sind, das tRNA-Thio-Epitranscriptom erstmals zu kartieren, Schwefelmobilisierungswege zu identifizieren, zu bestimmen, ob Thiomodifikationen die Translationsmaschinerie und die Codon-Verzerrung oder tRNA-Fragmentierungsprozesse beeinflussen, und die dynamische Kontrolle der tRNA-Thiolierung mit der Endothelzellproliferation zu verknüpfen. Sollte sich die Hypothese als richtig erweisen, hat sie das Potenzial, das Thio-Epitranscriptom in den Mittelpunkt epitranscriptomgestützter Therapien gegen übermäßiges Gefäßwachstum bei menschlichen Krankheiten zu stellen.
Die Proteinsynthese verbraucht enorme Mengen an Energie und muss streng reguliert werden. Zahlreiche zelluläre Mechanismen sind an der Regulierung der Translation beteiligt, und spezifische Modifikationen von RNA (das Epitranskriptom) sind bei verschiedenen Spezies hochkonserviert. Unser Verständnis der biologischen Regulation und der Rolle des Epitranskriptoms ist begrenzt, aber es ist klar, dass dynamische Modifikationen der RNA eine neue Kontrollschicht der genetischen Information darstellen. In einer menschlichen Zelle sind zig Millionen RNA-Transkripte vorhanden, und tRNA ist die am stärksten modifizierte RNA-Spezies mit durchschnittlich 13 Modifikationen pro Molekül. Solche Veränderungen sind erforderlich, um das korrekte Falten der tRNAs sicherzustellen, die Konformation der tRNA-Anticodonschleife zu stabilisieren, die Interaktionen mit Aminoacyl-tRNA-Synthetasen zu erleichtern und das Decodieren sowie die Ribosomenverarbeitung zu modulieren. Bisherige Studien konzentrierten sich auf Bakterien und Hefen, die ausgeklügelte Wege entwickelt haben, um die Translation in Reaktion auf Nährstoffe zu regulieren. Zumindest in diesen Organismen sind die häufigsten Modifikationen die de novo Synthese von Schwefel, die für die Thiolierung von tRNAs erforderlich ist. Dieser faszinierende Mechanismus wurde bei höher entwickelten Organismen bisher nicht untersucht. Eine potenzielle Quelle hochreaktiver Schwefelverbindungen für die tRNA-Modifikation in Säugerzellen ist der Stoffwechsel schwefelhaltiger Aminosäuren. Unter diesen wurde Cystein mit dem Schwefeltransfer und einer posttranslationalen Modifikation namens Persulfidierung oder S‑Sulfhydration in Verbindung gebracht, die für die Aufrechterhaltung der vaskulären Homöostase verantwortlich ist. Vaskuläre Homöostase und der Übergang von ruhenden zu proliferativen Phänotypen sind ein interessantes Thema in Zuständen, bei denen die Gefäßreparatur für die Resilienzmechanismen des Organismus nach Verletzungen (z. B. ischämische Insulte) von Bedeutung ist, sowie bei verschiedenen menschlichen Krankheiten mit erhöhter angiogener Kapazität (z. B. Krebs). Obwohl gezeigt wurde, dass Signalmoleküle und Wachstumsfaktoren die komplexen morphogenetischen Ereignisse der Blutgefäßneubildung regulieren, sind die Mechanismen der Proteinsynthesekontrolle bisher kaum untersucht. Ob die Modifikationen der tRNAs und die Darstellung von tRNA-Isoakzeptoren die Proteinsynthese und Teilung von Endothelzellen regulieren, ist unklar. Hierin stellen wir die Hypothese auf, dass schwefelhaltige Aminosäuren im menschlichen Gefäßsystem die Quelle eines neuartigen, die Translation regulierenden Codes sind, den wir als Thio-Epitranskriptom bezeichnen. Zu verstehen, ob die Mobilisierung von Schwefel aus schwefelhaltigen Aminosäuren Auswirkungen auf tRNA-Thiomodifikationen und anschließend auf die Genexpression haben kann, ist ein bisher unerforschtes Thema, das potenziell eine bedeutende Rolle bei der Anpassung von Zellen an ein bestimmtes Mikro-Umfeld spielen könnte.
Dieses Projekt wird die Hypothese untersuchen, dass der Stoffwechsel von schwefelhaltigen Aminosäuren die zellulären Spiegel von freiem Sulfid bestimmt, um die Translation über tRNA-Thio-Modifikationen zu verändern. Ein solcher Mechanismus könnte den Proteinkomplex durch veränderten zellulären Schwefelfluss feinjustieren und ist möglicherweise bei der Zellteilung von Bedeutung. Wir planen, uns auf das Säugetiersystem zu konzentrieren, um: 1) die Positionen der thiolierten Nukleoside in tRNAs zu identifizieren, 2) die Quelle des Schwefels, der letztlich zur Thiolierung führt, zu bestimmen und die Mechanismen der dynamischen Kontrolle von tRNA-Thio-Modifikationen zu untersuchen, und 3) festzustellen, ob Thio-Modifikationen die Translationsmaschinerie sowie das codonabhängige Verhalten oder die tRNA-Fragmentierung beeinflussen. Jedes dieser Ziele soll Informationen liefern, die erforderlich sind, um das Thio-Epitranskriptom als eine neue Ebene der Translationskontrolle zu etablieren, die potenziell die Gefäßhomöostase und Krankheiten beeinflusst.
Yifan Zhu
Universität HeidelbergBetreut durch
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Biologie & MedizinHector RCD Awardee seit 2022