Ausgelöste Kontraktion von selbstorganisierten DNA Nanoröhrchen
Maja Illig – Hector RCD Awardee Kerstin Göpfrich
DNA-Nanoröhrchen werden in der synthetischen Bottom-up Biologie häufig als Nachahmung von Zytoskelettfilamenten verwendet. Mit Hilfe eines synthetischen starPEG-Konstrukts, das als Vernetzer fungiert, gelingt es uns, die nur wenige Nanometer dicken DNA-Nanoröhrchen zu bündeln. In der Masse organisieren sie sich selbst zu Ringen im Mikrometerbereich. Wir erreichen, dass sie sich bei Temperaturerhöhung oder in Anwesenheit von Verdrängermolekülen wie Dextran zusammenziehen (in Zusammenarbeit mit der Gruppe Kierfeld, TU Dortmund).
Kontraktile Ringe, die aus Zytoskelettfilamenten gebildet werden, vermitteln die Teilung von Zellen. Die Ringbildung wird durch spezifische Vernetzer für die Filamentbündelung ausgelöst, während die Kontraktion in der Regel mit der Aktivität von Motorproteinen verbunden ist. Hier haben wir DNA Nanoröhrchen als Nachahmer von Zytoskelettfilamenten und einen synthetischen Vernetzer auf der Basis eines Peptid-funktionalisierten starPEGKonstrukts entwickelt. Der Vernetzer bewirkt die Bündelung von Dutzenden einzelner DNA-Nanoröhrchen. Besonders ist, dass sich die DNA-Nanoröhrchenbündel in einem Selbstfindungsprozess zu geschlossenen Ringen im Mikrometerbereich formen. Dabei ergeben sich mehrere tausend Ringe pro Mikroliter. Grobkörnige Molekulardynamik Simulationen reproduzieren die detaillierten architektonischen Eigenschaften der DNA-Ringe, wie sie durch Elektronenmikroskopie belegt werden. Darüber hinaus sagen die Simulationen eine Kontraktion der DNA-Ringe — ohne Motorproteine — bei zunehmender Anziehungskraft der DNA-Nanoröhrchen oder bei abnehmender Biegesteifigkeit vorher, was zu mechanistischen Erkenntnissen innerhalb des Parameterraums führt, der für ein effizientes Nanoröhrchen-Gleiten von großer Bedeutung ist. Wir realisieren diese beiden Bedingungen experimentell durch Zugabe von molekularen Verdrängern bzw. durch Temperaturerhöhung. Wir erhalten eine Ringkontraktion auf weniger als die Hälfte des ursprünglichen Ringdurchmessers. Diese DNA basierten kontraktilen Ringe könnten ein zukünftiges Element einer künstlichen Teilungsmaschinerie in synthetischen Zellen sein. Die Kombination von DNA-Nanotechnologie und Peptidtechnik könnte ebenso neue kontraktile und muskelähnliche Materialien hervorbringen.
DNA nanotubes are bundled by a synthetic crosslinker and form rings on the micron scale that contract upon external triggers.
Maja Illig
Max-Planck-Institut für medizinische ForschungBetreut durch
Hector RCD Awardee Dr.
Kerstin Göpfrich
Physik, Chemie, Biologie, Ingenieurwesen & MedizinHector RCD Awardee seit 2021